智能建站结构优化要解决的重要问题包括收录及页面权重分配。每个智能建站都有自己的特殊问题需要解决，是没有适合所有智能建站的结构优化秘诀的，我们要具体问题具体分析，不能一棵树上吊死。
1）重点内页的解决：
有时一些公司重点推出的产品，搜索次数较高的产品，节假日促销的产品必须获得较高的权重，如果还是按照金典的树形结构来安排，结果肯定不明显。这时，我们可以采用在首页加上这些产品页面的链接，或者，在侧栏推荐，促销部分加上全站链接。
2）非必要页面的处理:
每个智能建站都有一些在功能及用户体验方面很重要，但在SEO角度没必要的页面。如:隐私权政策，用户登陆、注册页面，联系我们，关于我们等。前面说到，搜索引擎是不会注册登陆的，我们也没必要去优化联系我们，关于我们这类关键词。但是，这些非必要页面往往可获得权重，而且还是仅次于首页权重，由此看来，这种权重可以说是一种浪费！我们可以只在首页显示链接，其他页面干脆取消链接。还有的就是可以使用户注册及登陆链接不被跟踪和传递权重（使用NoFollow,JavaScript）。我们要尽量避免非必要页面获得权重。
3）大二级分类的解决:
有时候某些二级分类下的产品远远多于其他小一些的二级分类，产品太多的二级分类下还可能列出三级分类。这时，小分类得到了充分的收录，产品数量发的却因权重稀释无法收录。要想解决这类问题，思路就是提高大二级分类页面的权重，使它能带动的产品页面增加。我们从用户体验出发，先选择热门二级分类。
4）翻页过多的处理:
很多智能建站在某个分类下有成千上万的产品，按照传统的翻页导航，后面的产品需要点击几十次或者上百次才能到达，这样产品页面的收录率几乎为0。我们解决这类问题时，可以对其进行再次分类，或者，对翻页链接进行格式变化。